Syllabus

BQC-0506 Bioquímica II

DR. ANA LUISA RAMOS DÍAZ

alramos@itescam.edu.mx

Semestre Horas Teoría Horas Práctica Créditos Clasificación
4 4 2 10

Prerrequisitos
BIOLOGÍA: Conocer la estructura y función celular.
BIOQUÍMICA: Conocer la teoría general referente a las enzimas: regulacíon, cofactores y bionergética.
QUÍMICA I: Identificar los diferentes grupos funcionales orgánicos.
QUÍMICA II: Describir la estereoquímica de los compuestos orgánicos.
MICROBIOLOGÍA: 1)Actividades metabólicas de microorganismos procariotas y eucariotas. 2) Cultivo e identificación de microorganismos. 3) Genética microbiana.

Competencias Atributos de Ingeniería

Normatividad
1) El alumno deberá presentarse en el salón de clase a más tardar 15 minutos después de la hora indicada de la clase. 2) El alumno tiene la obligación de entregar las tareas en el día y a la hora establecidas. 3) Los alumnos deben participar en clase para tener derecho a 40% de la calificación.

Materiales
Para seciones de laboratorio: 1)Bata de laboratorio de preferencia de manga larga. 2) Cubre bocas. 3) Par de guantes desechables.

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Título
Autor
Editorial
Edición/Año
Ejemplares
Parámetros de Examen
PARCIAL 1 UNIDAD I y II
PARCIAL 2 UNIDAD III y IV

Contenido (Unidad / Competencia / Actividad / Material de Aprendizaje)
1. Metabolismo del nitrógeno
          1.1. Degradación de aminoácidos
                   1.1.1. Flujos metabólicos de los grupos aminos
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 633-635, 639-643
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)657-662
                           Estructura de los aminoácidos ( bytes)
                           Ciclo del ácido cítrico ( bytes)
                           Flujo metabólico de los grupos amino ( bytes)
                           Capitulo 23 Stryer ( bytes)
                           Clase 9-13 febrero-09 ( bytes)
                           http://laguna.fmedic.unam.mx/lenpres/
                           http://bcs.whfreeman.com/lehninger
                          
                   1.1.2. Enzimas y coenzimas involucradas
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002)633-635, 649-658.
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 671-683.
                          
                   1.1.3. Comportamiento comunes de las vías de degradación de aminoácidos
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002)649-658
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)657-662.
                          
                   1.1.4. Recambio de proteínas
                           Recambio de proteínas ( bytes)
                          
          1.2. Excreción de nitrógeno y el ciclo de la urea
                   1.2.1. Etapas enzimáticas del ciclo
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 643-648
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 665-669
                           ciclo de la Urea ( bytes)
                          
                   1.2.2. Relacíon entre el ciclo del ácido cítrico y el ciclo de la urea
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 646-647
                           capitulo completo ( bytes)
                           http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/U/UreaCycle.html
                          
                   1.2.3. Ecuación global del ciclo
                           Balance del ciclo de la urea ( bytes)
                          
                   1.2.4. Regulación del ciclo
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 669-671
                          
                   1.2.5. Defectos genéticos del ciclo
                           Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 647-649
                          
          1.3. Ciclo del nitrogéno
                   1.3.1. Enzimas del complejo nitrogenasa
                           enzimas del complejo nitrogenasa ( bytes)
                           enzimas ( bytes)
                           nitrogenasa ( bytes)
                          
                   1.3.2. Incorporación del amoníaco en biomoléculas
                           Esquema ( bytes)
                           incorporacion NH4 ( bytes)
                          
          1.4. Biosíntesis de aminoácidos
                   1.4.1. Familias de aminoácidos agrupadas por prescursor metabólico. 1. Alfa-cetoglutarato. 2. Fosfoglicerato. 3. Oxalacetato. 4. Priruvato. 5. Fosfoenolpiruvato y eritrosa 4-fosfato. 5. Ribosa 5-fosfato
                           biosintesis aa ( bytes)
                           biosintesis aa (libro 1) ( bytes)
                           biosintesis aa (libro 2) ( bytes)
                          
                   1.4.2. Regulación metabólica
                           regulación metabolica ( bytes)
                          
                   1.4.3. Moléculas derivadas de los aminoácidos: porfirina, creatina, glutatión, auxina, cetocolaminas, entre otras
                           Derivados ( bytes)
                          
2. Metabolismo de nucleótidos
          2.1. Nucleótidos
                   2.1.1. Nucleótidos de purina
                           Purinas ( bytes)
                          
                   2.1.2. Nucleótidos de pirimidina
                           pirimidinas ( bytes)
                          
                   2.1.3. Desoxirribonucleótidos
                           Desoxirribonucleótidos ( bytes)
                          
          2.2. Degradación de ácidos nucleícos
                   2.2.1. Degradación de ácidos nucleícos
                           Degradación ( bytes)
                           Degradación ( bytes)
                          
          2.3. Biosíntesis de nucleótidos de purina
                   2.3.1. Experimentos preliminares
                           Experimentos preliminares ( bytes)
                           Experimetos preliminares ( bytes)
                          
                   2.3.2. Vía de novo. 1. Enzimas involucradas. 2. Regulación metabólica. 3. Vías de salvamento. 4. Balance energético
                           biosintesis ( bytes)
                           via de novo ( bytes)
                           Lehninger ( bytes)
                          
          2.4. Degradación de nucleótidos de purina
                   2.4.1. Obtención del ácido úrico y otros productos de excreción
                           degradación ( bytes)
                          
                   2.4.2. Hiperamonemia
                           Hiperamonemia ( bytes)
                           Hiperamonemia ( bytes)
                          
          2.5. Biosíntesis de nucleótidos de pirimidina
                   2.5.1. Vía de novo
                           biosintesis pirimidina ( bytes)
                           vía novo ( bytes)
                          
                   2.5.2. Enzimas involucradas
                           capitulo Strayer ( bytes)
                          
                   2.5.3. Regulación metabólica
                           Regulación (web) ( bytes)
                          
          2.6. Degradación de nucleótidos de de pirimidina: enzimas de las vías de salvamento
                   2.6.1. Degradación de nucleótidos de de pirimidina: enzimas de las vías de salvamento
                           Degradación ( bytes)
                          
          2.7. Biosíntesis de desoxirribonucleótidos
                   2.7.1. Ribonucleósido difosfato reductasa. Regulación alostérica
                           Ribonucleósido ( bytes)
                          
                   2.7.2. Biosíntesis de timidilato
                           timidilato ( bytes)
                          
3. Ácidos nucleicos y sus funciones biológicas
          3.1. Los dos tipos de ácido nucleicos: ADN y ARN
                   3.1.1. Estructura primaria
                           Estructura primaria ( bytes)
                          
                   3.1.2. Estructura secundaria. 1. Modelon de Watson-Crick desarrollo histórico. 2. Estructura alternativas del ADN: ADN.A, ADN.Z, ADN.H
                           Estructura secundaria ( bytes)
                           Estructura secundaria (2) ( bytes)
                           Watson-Crick ( bytes)
                          
                   3.1.3. Estructura terciaria. 1. ADN circular y superenrrollamiento. 2. Cromosomas y cromatina. 3. Nucleosomas. 4. ADN de organelos. 5. Estabilidad de la estructura secundaria y terciaria. Renaturalización
                           Estructura terciaria ( bytes)
                          
                   3.1.4. Naturaleza de la mutación. 1. Mutágenos químicos. 2. Dímeros de timina
                           Mutación ( bytes)
                          
          3.2. ARN
                   3.2.1. Transferencia, ribosomal, mensajero
                           ARN ( bytes)
                          
                   3.2.2. ARN heterogéneo
                           ARN heterogéneo ( bytes)
                          
4. Replicación de la información genética
          4.1. Replicación de ADN. Naturaleza semiconservativa
                   4.1.1. Replicación de ADN. Naturaleza semiconservativa
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)948-994
                          
          4.2. Topoisomerasa
                   4.2.1. ADN girasa
                           Girasa ( bytes)
                          
                   4.2.2. ADN polimerasa I
                           ADN polimerasa I ( bytes)
                          
                   4.2.3. ADN polimersa II y III
                           ADN polomerasa II y III ( bytes)
                           http://lasteologias.wordpress.com/2008/05/09/acido-desoxirribonucleico/
                          
          4.3. Horquillas de replicación
                   4.3.1. Horquillas de replicación
                           Horquillas ( bytes)
                          
          4.4. Hebra guía y hebra retrazada
                   4.4.1. Hebra guía y hebra retrazada
                           Hebra guía ( bytes)
                          
          4.5. Punto de origen (Ori C)
                   4.5.1. Punto de origen (Ori C)
                           Ori C ( bytes)
                          
          4.6. Primasa
                   4.6.1. Primasa
                           Primasa ( bytes)
                          
          4.7. Función del ADN polimerasa III. Replisoma
                   4.7.1. Función del ADN polimerasa III. Replisoma
                           Lewin Benjamin. Genes VII. 7a. Edición, Editorial Oxford University Press ad Cell Press (2001) 385-400
                          
          4.8. Síntesis de ADN en procariotes
                   4.8.1. Iniciación
                           Iniciación ( bytes)
                           Iniciación ----- Lewin Benjamin. Genes VII. 7a. Edición, Editorial Oxford University Press ad Cell Press (2001) 385-400
                          
                   4.8.2. Desdoblamiento del ADN
                           desdoblamiento del ADN ( bytes)
                          
          4.9. Elongación
                   4.9.1. Síntesis del molde (ARN)
                           Elongación ( bytes)
                          
                   4.9.2. Síntesis de ADN
                          
                   4.9.3. Unión de los fragmentos de ADN
                          
          4.10. Terminación
                   4.10.1. Terminación
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)829-831
                          
          4.11. Reparación de ADN
                   4.11.1. Reparación por excisión debases
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)831-835
                          
                   4.11.2. Reparación por fotoreactivación
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)835-839
                          
          4.12. Recombinación de ADN
                   4.12.1. Recombinación genética homóloga o general
                           Recombinación de ADN Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)839-845
                          
                   4.12.2. Recombinación específica del sitio
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)845-851
                          
                   4.12.3. Transposición de ADN
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)851-853
                          
5. Transcripción de la información genética
          5.1. Función biológica de el ARN polimerasa de E.Coli
                   5.1.1. Función biológica de el ARN polimerasa de E.Coli
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)857-889
                          
          5.2. Mecanismo de la transcripción: iniciación interacción con promotores y regulación de la iniciación de la transcrpción
                   5.2.1. Mecanismo de la trascripción: iniciación interacción con promotores y regulación de la iniciación de la transcripción
                           Unidad V ( bytes)
                           http://www.maph49.galeon.com/arn/tcproc.html
                          
          5.3. Elongación: Incorporación de ribonucleótidos
                   5.3.1. Elongación: Incorporación de ribonucleótidos
                           http://es.wikipedia.org/wiki/Transcripci%C3%B3n_gen%C3%A9tica
                           http://www.maph49.galeon.com/arn/rnapoly.html
                          
          5.4. ARN polimerasa eucariotas
                   5.4.1. ARN polimerasa eucariotas
                           http://es.wikipedia.org/wiki/ARN_polimerasa
                           http://gmein.uib.es/otros/ARNasaeuc/arnasaeucjmol.html
                          
          5.5. Terminación
                   5.5.1. Terminación
                           http://www.cienciaybiologia.com/bgeneral/transcripcion-arn.htm
                          
          5.6. Antibióticos inhibidores de la transcripción
                   5.6.1. Antibióticos inhibidores de la transcripción
                           antibióticos ( bytes)
                          
          5.7. Procesamiento post.transcripcional del ARN
                   5.7.1. ARN mensajero
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)866-874
                          
                   5.7.2. Procesamiento de ARN ribosomal y ARN de transferencia
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)874-879
                          
          5.8. Expresión genética
                   5.8.1. Expresión genética en procariotas: operón lactosa
                           Operon lactosa ( bytes)
                           http://es.wikipedia.org/wiki/Oper%C3%B3n_lac
                          
                   5.8.2. Expresión genética en eucariotas mecanismos de regulación
                           Exp. genetica eucariotas ( bytes)
                          
6. Traducción de la información genética y biosíntesis de proteínas
          6.1. Componentes necesarios para la síntesis proteica
                   6.1.1. Código genético
                           codigo genetico ( bytes)
                           Cod. gen. ( bytes)
                           http://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3digo_gen%C3%A9tico
                           http://www.ucm.es/info/genetica/AVG/practicas/secuencia/Codigen.htm
                          
                   6.1.2. Estructura del ARN mensajero procariota
                           Estructura ( bytes)
                           Estructura ( bytes)
                          
                   6.1.3. Estructura de ARN transferencia
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)910-916
                           ARNt ( bytes)
                          
                   6.1.4. Estructura del ribosoma
                           Ribosoma ( bytes)
                          
          6.2. Mecanismo de la traducción
                   6.2.1. Iniciación
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998) 905-909
                           Traducción ( bytes)
                          
                   6.2.2. Elongación
                           Iniciación ( bytes)
                           http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/traduc/traduc5.html
                          
                   6.2.3. Terminación
                           terminación ( bytes)
                          
          6.3. Velocidad de traducción
                   6.3.1. Velocidad de traducción
                          
          6.4. Modificación post.traduccionales
                   6.4.1. Modificación post.traduccionales
                           Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)925-929
                          
          6.5. Mecanismos de control traduccionales
                   6.5.1. Mecanismos de control traduccionales
                          
          6.6. Síntesis de proteínas en eucariotas
                   6.6.1. Síntesis de proteínas en eucariotas
                          
          6.7. Modificaciones post.traduccionales en eucariotas
                   6.7.1. Modificaciones post.traduccionales en eucariotas
                           Modificación post-traduccional ( bytes)
                          
          6.8. Mecanismos de control tranduccional
                   6.8.1. Mecanismos de control tranduccional
                           Control ( bytes)
                          

Prácticas de Laboratorio (20222023P)
Fecha
Hora
Grupo
Aula
Práctica
Descripción

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Grupo Actividad Fecha Carrera

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