Sylabus BQC-0506

Syllabus

BQC-0506 Bioquímica II

DR. ANA LUISA RAMOS DÍAZ

alramos@itescam.edu.mx

Semestre	Horas Teoría	Horas Práctica	Créditos	Clasificación
4	4	2	10

Prerrequisitos

BIOLOGÍA: Conocer la estructura y función celular.

BIOQUÍMICA: Conocer la teoría general referente a las enzimas: regulacíon, cofactores y bionergética.

QUÍMICA I: Identificar los diferentes grupos funcionales orgánicos.

QUÍMICA II: Describir la estereoquímica de los compuestos orgánicos.

MICROBIOLOGÍA: 1)Actividades metabólicas de microorganismos procariotas y eucariotas. 2) Cultivo e identificación de microorganismos. 3) Genética microbiana.

Competencias

Atributos de Ingeniería

Normatividad

1) El alumno deberá presentarse en el salón de clase a más tardar 15 minutos después de la hora indicada de la clase. 2) El alumno tiene la obligación de entregar las tareas en el día y a la hora establecidas. 3) Los alumnos deben participar en clase para tener derecho a 40% de la calificación.

Materiales

Para seciones de laboratorio: 1)Bata de laboratorio de preferencia de manga larga. 2) Cubre bocas. 3) Par de guantes desechables.

Bibliografía disponible en el Itescam
Título	Autor	Editorial	Edición/Año	Ejemplares

Parámetros de Examen
PARCIAL 1	UNIDAD I y II
PARCIAL 2	UNIDAD III y IV

Contenido (Unidad / Competencia / Actividad / Material de Aprendizaje)
1. Metabolismo del nitrógeno 1.1. Degradación de aminoácidos 1.1.1. Flujos metabólicos de los grupos aminos Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 633-635, 639-643 Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)657-662 Estructura de los aminoácidos ( bytes) Ciclo del ácido cítrico ( bytes) Flujo metabólico de los grupos amino ( bytes) Capitulo 23 Stryer ( bytes) Clase 9-13 febrero-09 ( bytes) http://laguna.fmedic.unam.mx/lenpres/ http://bcs.whfreeman.com/lehninger 1.1.2. Enzimas y coenzimas involucradas Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002)633-635, 649-658. Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 671-683. 1.1.3. Comportamiento comunes de las vías de degradación de aminoácidos Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002)649-658 Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)657-662. 1.1.4. Recambio de proteínas Recambio de proteínas ( bytes) 1.2. Excreción de nitrógeno y el ciclo de la urea 1.2.1. Etapas enzimáticas del ciclo Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 643-648 Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 665-669 ciclo de la Urea ( bytes) 1.2.2. Relacíon entre el ciclo del ácido cítrico y el ciclo de la urea Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 646-647 capitulo completo ( bytes) http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/U/UreaCycle.html 1.2.3. Ecuación global del ciclo Balance del ciclo de la urea ( bytes) 1.2.4. Regulación del ciclo Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005) 669-671 1.2.5. Defectos genéticos del ciclo Berg, Jeremy; Tymoczko John; Stryer, Lubert. BIOCHEMISTRY, 5a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2002) 647-649 1.3. Ciclo del nitrogéno 1.3.1. Enzimas del complejo nitrogenasa enzimas del complejo nitrogenasa ( bytes) enzimas ( bytes) nitrogenasa ( bytes) 1.3.2. Incorporación del amoníaco en biomoléculas Esquema ( bytes) incorporacion NH4 ( bytes) 1.4. Biosíntesis de aminoácidos 1.4.1. Familias de aminoácidos agrupadas por prescursor metabólico. 1. Alfa-cetoglutarato. 2. Fosfoglicerato. 3. Oxalacetato. 4. Priruvato. 5. Fosfoenolpiruvato y eritrosa 4-fosfato. 5. Ribosa 5-fosfato biosintesis aa ( bytes) biosintesis aa (libro 1) ( bytes) biosintesis aa (libro 2) ( bytes) 1.4.2. Regulación metabólica regulación metabolica ( bytes) 1.4.3. Moléculas derivadas de los aminoácidos: porfirina, creatina, glutatión, auxina, cetocolaminas, entre otras Derivados ( bytes)
2. Metabolismo de nucleótidos 2.1. Nucleótidos 2.1.1. Nucleótidos de purina Purinas ( bytes) 2.1.2. Nucleótidos de pirimidina pirimidinas ( bytes) 2.1.3. Desoxirribonucleótidos Desoxirribonucleótidos ( bytes) 2.2. Degradación de ácidos nucleícos 2.2.1. Degradación de ácidos nucleícos Degradación ( bytes) Degradación ( bytes) 2.3. Biosíntesis de nucleótidos de purina 2.3.1. Experimentos preliminares Experimentos preliminares ( bytes) Experimetos preliminares ( bytes) 2.3.2. Vía de novo. 1. Enzimas involucradas. 2. Regulación metabólica. 3. Vías de salvamento. 4. Balance energético biosintesis ( bytes) via de novo ( bytes) Lehninger ( bytes) 2.4. Degradación de nucleótidos de purina 2.4.1. Obtención del ácido úrico y otros productos de excreción degradación ( bytes) 2.4.2. Hiperamonemia Hiperamonemia ( bytes) Hiperamonemia ( bytes) 2.5. Biosíntesis de nucleótidos de pirimidina 2.5.1. Vía de novo biosintesis pirimidina ( bytes) vía novo ( bytes) 2.5.2. Enzimas involucradas capitulo Strayer ( bytes) 2.5.3. Regulación metabólica Regulación (web) ( bytes) 2.6. Degradación de nucleótidos de de pirimidina: enzimas de las vías de salvamento 2.6.1. Degradación de nucleótidos de de pirimidina: enzimas de las vías de salvamento Degradación ( bytes) 2.7. Biosíntesis de desoxirribonucleótidos 2.7.1. Ribonucleósido difosfato reductasa. Regulación alostérica Ribonucleósido ( bytes) 2.7.2. Biosíntesis de timidilato timidilato ( bytes)
3. Ácidos nucleicos y sus funciones biológicas 3.1. Los dos tipos de ácido nucleicos: ADN y ARN 3.1.1. Estructura primaria Estructura primaria ( bytes) 3.1.2. Estructura secundaria. 1. Modelon de Watson-Crick desarrollo histórico. 2. Estructura alternativas del ADN: ADN.A, ADN.Z, ADN.H Estructura secundaria ( bytes) Estructura secundaria (2) ( bytes) Watson-Crick ( bytes) 3.1.3. Estructura terciaria. 1. ADN circular y superenrrollamiento. 2. Cromosomas y cromatina. 3. Nucleosomas. 4. ADN de organelos. 5. Estabilidad de la estructura secundaria y terciaria. Renaturalización Estructura terciaria ( bytes) 3.1.4. Naturaleza de la mutación. 1. Mutágenos químicos. 2. Dímeros de timina Mutación ( bytes) 3.2. ARN 3.2.1. Transferencia, ribosomal, mensajero ARN ( bytes) 3.2.2. ARN heterogéneo ARN heterogéneo ( bytes)
4. Replicación de la información genética 4.1. Replicación de ADN. Naturaleza semiconservativa 4.1.1. Replicación de ADN. Naturaleza semiconservativa Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principles of biochemistry, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (2005)948-994 4.2. Topoisomerasa 4.2.1. ADN girasa Girasa ( bytes) 4.2.2. ADN polimerasa I ADN polimerasa I ( bytes) 4.2.3. ADN polimersa II y III ADN polomerasa II y III ( bytes) http://lasteologias.wordpress.com/2008/05/09/acido-desoxirribonucleico/ 4.3. Horquillas de replicación 4.3.1. Horquillas de replicación Horquillas ( bytes) 4.4. Hebra guía y hebra retrazada 4.4.1. Hebra guía y hebra retrazada Hebra guía ( bytes) 4.5. Punto de origen (Ori C) 4.5.1. Punto de origen (Ori C) Ori C ( bytes) 4.6. Primasa 4.6.1. Primasa Primasa ( bytes) 4.7. Función del ADN polimerasa III. Replisoma 4.7.1. Función del ADN polimerasa III. Replisoma Lewin Benjamin. Genes VII. 7a. Edición, Editorial Oxford University Press ad Cell Press (2001) 385-400 4.8. Síntesis de ADN en procariotes 4.8.1. Iniciación Iniciación ( bytes) Iniciación ----- Lewin Benjamin. Genes VII. 7a. Edición, Editorial Oxford University Press ad Cell Press (2001) 385-400 4.8.2. Desdoblamiento del ADN desdoblamiento del ADN ( bytes) 4.9. Elongación 4.9.1. Síntesis del molde (ARN) Elongación ( bytes) 4.9.2. Síntesis de ADN 4.9.3. Unión de los fragmentos de ADN 4.10. Terminación 4.10.1. Terminación Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)829-831 4.11. Reparación de ADN 4.11.1. Reparación por excisión debases Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)831-835 4.11.2. Reparación por fotoreactivación Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)835-839 4.12. Recombinación de ADN 4.12.1. Recombinación genética homóloga o general Recombinación de ADN Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)839-845 4.12.2. Recombinación específica del sitio Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)845-851 4.12.3. Transposición de ADN Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)851-853
5. Transcripción de la información genética 5.1. Función biológica de el ARN polimerasa de E.Coli 5.1.1. Función biológica de el ARN polimerasa de E.Coli Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)857-889 5.2. Mecanismo de la transcripción: iniciación interacción con promotores y regulación de la iniciación de la transcrpción 5.2.1. Mecanismo de la trascripción: iniciación interacción con promotores y regulación de la iniciación de la transcripción Unidad V ( bytes) http://www.maph49.galeon.com/arn/tcproc.html 5.3. Elongación: Incorporación de ribonucleótidos 5.3.1. Elongación: Incorporación de ribonucleótidos http://es.wikipedia.org/wiki/Transcripci%C3%B3n_gen%C3%A9tica http://www.maph49.galeon.com/arn/rnapoly.html 5.4. ARN polimerasa eucariotas 5.4.1. ARN polimerasa eucariotas http://es.wikipedia.org/wiki/ARN_polimerasa http://gmein.uib.es/otros/ARNasaeuc/arnasaeucjmol.html 5.5. Terminación 5.5.1. Terminación http://www.cienciaybiologia.com/bgeneral/transcripcion-arn.htm 5.6. Antibióticos inhibidores de la transcripción 5.6.1. Antibióticos inhibidores de la transcripción antibióticos ( bytes) 5.7. Procesamiento post.transcripcional del ARN 5.7.1. ARN mensajero Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)866-874 5.7.2. Procesamiento de ARN ribosomal y ARN de transferencia Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)874-879 5.8. Expresión genética 5.8.1. Expresión genética en procariotas: operón lactosa Operon lactosa ( bytes) http://es.wikipedia.org/wiki/Oper%C3%B3n_lac 5.8.2. Expresión genética en eucariotas mecanismos de regulación Exp. genetica eucariotas ( bytes)
6. Traducción de la información genética y biosíntesis de proteínas 6.1. Componentes necesarios para la síntesis proteica 6.1.1. Código genético codigo genetico ( bytes) Cod. gen. ( bytes) http://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3digo_gen%C3%A9tico http://www.ucm.es/info/genetica/AVG/practicas/secuencia/Codigen.htm 6.1.2. Estructura del ARN mensajero procariota Estructura ( bytes) Estructura ( bytes) 6.1.3. Estructura de ARN transferencia Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)910-916 ARNt ( bytes) 6.1.4. Estructura del ribosoma Ribosoma ( bytes) 6.2. Mecanismo de la traducción 6.2.1. Iniciación Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998) 905-909 Traducción ( bytes) 6.2.2. Elongación Iniciación ( bytes) http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/traduc/traduc5.html 6.2.3. Terminación terminación ( bytes) 6.3. Velocidad de traducción 6.3.1. Velocidad de traducción 6.4. Modificación post.traduccionales 6.4.1. Modificación post.traduccionales Nelson, David; Cox, Michel. Lehninger: Principios de bioquímica, 4a. Edición, Ediciones W.H. Freeman and company. New York. (1998)925-929 6.5. Mecanismos de control traduccionales 6.5.1. Mecanismos de control traduccionales 6.6. Síntesis de proteínas en eucariotas 6.6.1. Síntesis de proteínas en eucariotas 6.7. Modificaciones post.traduccionales en eucariotas 6.7.1. Modificaciones post.traduccionales en eucariotas Modificación post-traduccional ( bytes) 6.8. Mecanismos de control tranduccional 6.8.1. Mecanismos de control tranduccional Control ( bytes)