Syllabus

MIB-1105 Métodos y Técnicas en Biología Molecular

DR. IVÁN ALFREDO ESTRADA MOTA

iaestrada@itescam.edu.mx

Semestre Horas Teoría Horas Práctica Créditos Clasificación
8 2 4 8

Prerrequisitos
ES DESEABLE QUE EL ALUMNO AL INSCRIBIRSE AL CURSO DE MÉTODOS Y TÉCNICAS EN BIOLOGÍA MOLECULAR TENGA CONOCIMIENTOS PREVIOS DE: Biología Celular y Molecular, Química, Microbiología y Bioquímica.

Competencias Atributos de Ingeniería

Normatividad
A. RESPECTO A LA ASISTENCIA AL AULA: (i) Después que el profesor pase lista dentro del horario de clase, el alumno que llegue después del pase de lista NO tendrá asistencia, NO hay retardos; aunque si podrá tomar clases. (ii) Debido a que el docente dará un tiempo de descanso a mitad de la clase, los alumnos no podrán salir del salón durante la clase, a menos que sea un asunto de emergencia (no se toma como ir al baño un asunto de urgencia a menos que sea un problema de salud). Si saliera de clases en un asunto que no es de emergencia sin el consentimiento del profesor, el alumno tendrá falta en esa hora y las demás que queden de clases (iii) A juicio del docente, la falta colectiva del grupo podrá ser considerada doble y se dará como visto el tema de ese día. (iv) Un requisito para presentar el examen institucional es que el alumno tenga como mínimo 80% de asistencias. (v) Es responsabilidad del alumno revisar periódicamente en el sistema en línea el estado de sus faltas, por lo que el docente no recibirá reclamaciones de sus faltas pasada una semana después de la falta, ni mucho menos 1-2 días antes de los exámenes parciales. (vi) Al momento del pase de lista, a juicio del docente, el alumno que por distracción no contestare “PRESENTE”, se le pondrá falta en esa hora de clases, sin posibilidad de quitar la falta; tendrá asistencia en las horas subsecuentes si permaneciera en el aula de clases. (vii) El alumno que no tenga un 80% de asistencia NO tendrá derecho a que el docente le aplique el examen de título, si éste se fuera a dicha instancia. B. RESPECTO A LA ASISTENCIA AL LABORATORIO: (i) Los alumnos deberán estar debidamente vestidos a la puerta del laboratorio, según el reglamento de la Institución, 10 minutos antes de la hora señalada para la práctica, con la excepción de que el Docente que previamente les dio clases, haya retirado a todo el grupo cumpliendo exactamente su hora de clases o poco tiempo después. (ii) La entrada al laboratorio es exactamente en punto de la hora señalada. Antes de entrar, se revisará que cada alumno cumpla con la vestimenta adecuada y si es así, se le dejará entrar; si el alumno no cumpliera, tendrá que corregir su vestimenta y podrá entrar al laboratorio, pero tendrá FALTA en esa hora de la práctica; el alumno ya tendrá asistencia en las horas subsiguientes si permaneciera en el laboratorio. (iii) El alumno que, DESPUÉS de 10 minutos de la práctica llegue a la misma, no podrá entrar a ella y tendrá las faltas respectivas. El alumno que tenga un retardo de menos de 10 minutos, podrá entrar al laboratorio, pero tendrá falta en esa hora, y asistencias en las horas subsecuentes, si permaneciera en el laboratorio. (iv) El alumno que no haya entrado al laboratorio por las razones citadas, tendrá 0 en su calificación de desempeño y/o bitácora del laboratorio y 0 de calificación en el reporte de la práctica. En cuanto a esta última calificación, si el alumno quisiera tener calificación en el reporte, tendrá que presentar y aprobar con 80 de calificación un examen para tener derecho a la calificación del reporte. La solicitud de este examen es únicamente responsabilidad del estudiante y deberá de presentarse en un lapso no mayor a 5 días hábiles después de la práctica. (v) Los permisos para salir de la práctica para ir al baño o por otra razón, son dados a juicio del docente. El alumno que salga de la práctica sin permiso del docente no podrá volver, y tendrá falta en esa hora y en las subsiguientes. C. RESPECTO A NORMAS DE CONDUCTA: (i) Durante horas de clase los celulares que suenen serán decomisados y apagados; éstos serán devueltos al finalizar la clase, por lo que se recomienda que los apaguen o los pongan en modo de vibrador. (ii) Los alumnos que falten al respeto a sus compañeras deberán de abandonar el salón y se tomará como falta para el alumno esa hora y las horas que queden de clase. (iii) Aquel alumno que demuestre una mala actitud ante sus compañeros o ante el maestro, verá reflejada dicha actitud en su calificación del 20-20, además de que, a criterio del Docente, se le pedirá amablemente que abandone el salón de clases, teniendo falta esa hora y en las horas siguientes que queden de clase. (iv) Está prohibido consumir alimentos al salón de clases. D. RESPECTO A LA ENTREGA DE REPORTES Y TAREAS: (i) Los trabajos, que por indicación expresa del profesor, se entreguen vía correo electrónico o vía Moodle, se tendrá como hora límite de entrega las 23:59 hrs del día señalado; si el trabajo se envía un día después, valdrá el 50% de la calificación. No se aceptarán trabajos entregados con dos o más días de atraso. (ii) Si los trabajos que por indicación expresa del profesor se entreguen en el salón de clases por escrito y no se recibieran ese día, sólo se recibirán al día siguiente con una reducción del 50% de la calificación. No se aceptarán trabajos escritos con más de un día de retraso. No se aceptará que un trabajo que se deba entregar en el salón de clases se entregue vía correo electrónico o viceversa. (iii) Si en clases se realizara alguna actividad y se entregase alguna tarea al finalizar la clase, el alumno que haya faltado ese día y por ende no realizó la tarea, puede realizarla y entregarla con un plazo máximo de dos días hábiles después de la clase, siempre y cuando haya justificado su falta en Dirección Académica y aparezca como justificada en el sistema de asistencias en línea. (iv) Los alumnos que al mandar su tarea vía correo electrónico, no lo hagan en el formato explicado en clases (a las direcciones de correo indicadas y con la palabra clave en el rubro “Asunto” del correo), valdrá el 50% de su calificación aunque lo haya mandado el día indicado. (v) La entrega del reporte de laboratorio es como máximo 5 días hábiles después de la práctica; no se aceptarán reportes después de ese tiempo. Nota: No se toma como día hábil el día sábado.

Materiales
MATERIALES REQUERIDOS PARA LAS CLASES: libreta de apuntes, diccionario inglés-español, lápiz y pluma, carpeta pasta dura de arillo o carpeta con broche. Materiales requeridos para el laboratorio: bata, libreta para bitácora.

Bibliografía disponible en el Itescam
Título
Autor
Editorial
Edición/Año
Ejemplares

Parámetros de Examen
PARCIAL 1 De la actividad 1.1.1 a la actividad 1.4.2
PARCIAL 2 De la actividad 2.1.1 a la actividad 2.3.2

Contenido (Unidad / Competencia / Actividad / Material de Aprendizaje)
1. VECTORES DE CLONACIÓN
          1.1. Vectores de clonación de procariotas
                   1.1.1. Estructura
                           Documento de estudio: Vehículos moleculares ( bytes)
                           http://www.ivu.org/spanish/trans/ssnv-genetic.html
                          
                   1.1.2. Función en la naturaleza
                           http://www.ivu.org/spanish/trans/ssnv-genetic.html
                           http://www.mun.ca/biochem/courses/4103/topics/plasmids.html
                          
                   1.1.3. Empleo en la Ingeniería Genética
                           Diaporama guía: vehículos de ácidos nucleicos ( bytes)
                           http://www.newton.dep.anl.gov/askasci/mole00/mole00391.htm
                          
          1.2. Vectores de clonación de eucariotas
                   1.2.1. Estructura
                           http://bioweb.wku.edu/courses/biol350/cloningvecteuk9/review.html
                          
                   1.2.2. Función en la naturaleza
                           http://bioweb.wku.edu/courses/biol350/cloningvecteuk9/review.html
                          
                   1.2.3. Empleo en la Ingeniería Genética
                           http://www.molecular-plant-biotechnology.info/recombinant-DNA-technology/shuttle-vectors.htm
                          
          1.3. Aislamiento y manipulación de vectores de clonación
                   1.3.1. Métodos de extracción de vectores de procariotas
                           Documento de apoyo: asilamiento de plasmidos ( bytes)
                          
                   1.3.2. Métodos de extracción de vectores de eucariotas
                           http://genemol.org/biomolespa/plasmidos/plasmidos-01.html
                          
                   1.3.3. Herramientas para la manipulación de vectores
                           http://genemol.org/biomolespa/plasmidos/plasmidos-01.html
                          
          1.4. Los vectores de clonación en la Tecnología del ADN recombinante
                   1.4.1. Vectores de expresión
                           Documento de lectura: tarapia génica y los vectores de expresion ( bytes)
                           http://www.bioero.com/biotecnologia/caracteristicas-de-los-vectores-de-expresion-bacterianos.html
                          
                   1.4.2. Ejemplos prácticos de uso de vectores en la Ingeniería Genética
                           http://www.bioero.com/biotecnologia/caracteristicas-de-los-vectores-de-expresion-bacterianos.html
                          
2. SÍNTESIS Y AMPLIFICACIÓN IN VITRO DE ADN
          2.1. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
                   2.1.1. Historia y fundamento de la PCR
                           http://www.molecularstation.com/pcr/history-of-pcr/
                           http://sunsite.berkeley.edu/pcr/whatisPCR.html
                           http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/
                          
                   2.1.2. Elementos que participan en la PCR y sus propiedades de acuerdo al fabricante
                           Documento de estudio: PCR, basic protocol ( bytes)
                           http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/
                          
                   2.1.3. Variantes de la PCR
                           Documento de estudio: Beginners guide to real time PCR ( bytes)
                           Documento de estudio: Real-time PCR vs Traditional PCR ( bytes)
                           http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/
                          
          2.2. Transcripción reversa acoplada a PCR (RT-PCR)
                   2.2.1. Fundamento de la RT-PCR
                           Documento de estudio: Q PCR, pitfalls and potential ( bytes)
                           http://www.bio.davidson.edu/courses/immunology/Flash/RT_PCR.html
                          
                   2.2.2. Utilidad de la RT-PCR
                           http://www.sigmaaldrich.com/life-science/molecular-biology/pcr/rt-pcr.html
                          
                   2.2.3. Variantes de la RT-PCR
                           http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/
                           http://www.rtpcr.co.uk/rt-pcr.html
                          
          2.3. Amplificación de secuencias ligadas a vectores de clonación.
                   2.3.1. Elementos requeridos para amplificar secuencias de vectores
                           Documento de estudio: Analysis of plasmid insert size by PCR ( bytes)
                          
                   2.3.2. Vectores comerciales
                           Documento de estudio: Genomic vs Plasmid DNA ( bytes)
                          
3. GENERACIÓN DE PLÁSMIDOS RECOMBINANTES Y TRANSFORMACIÓN DE BACTERIAS COMPETENTES
          3.1. Ligación de segmentos de ADN a plásmidos linearizados
                   3.1.1. Extremos romos y cohesivos en plásmidos
                           http://scienceaid.co.uk/biology/genetics/engineering.html
                          
                   3.1.2. Métodos de ligación de segmentos de ADN a plásmidos
                           Documento de estudio: Paper recombinant DNA ( bytes)
                           Documento de estudio: Blunt end cloning ( bytes)
                          
          3.2. Células bacterianas competentes
                   3.2.1. Definición de células bacterianas competentes
                           Documento de estudio: Guide to transformation, competent cells ( bytes)
                           http://faculty.plattsburgh.edu/donald.slish/Transformation.html
                          
                   3.2.2. Métodos para generar células competentes
                           http://faculty.plattsburgh.edu/donald.slish/Transformation.html
                          
                   3.2.3. Cepas con características particulares
                           http://www.owlnet.rice.edu/~bios311/bios311/bios313/trnfm.html
                          
          3.3. Transformación de células bacterianas competentes
                   3.3.1. El método de la electroporación
                           http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/MolStudents/spring2003/McCord/electroporation.htm
                           http://www.iscid.org/encyclopedia/Electroporation
                          
                   3.3.2. El método del choque térmico
                           Articulo de investigación: plasmid DNA transformation conditions ( bytes)
                          
                   3.3.3. Selección de bacterias transformadas
                           http://www.molecular-plant-biotechnology.info/transgenic-plants-II/reporter-genes.htm
                           http://www.gbiosciences.com/EducationalProducts/Bacterial-Transformation.aspx
                          

Prácticas de Laboratorio (20222023P)
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Hora
Grupo
Aula
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